Построена в 1893–1894 гг. стараниями энергичного настоятеля Иосифа Канумова (1822/1825 – 1904) на участке, купленном у братьев Рубан (угол современных улиц Советская и Октябрьская). Впоследствии рядом были построены два причтовых дома и небольшая каменная колокольня (1896 г.). Здесь разместились помещение священника и церковно-приходское училище (школа). В декабре 1904 г. было создано Екатеринодарское римско-католическое общество пособия бедным, опекавшее церковно-приходскую школу и организовавшее при церкви небольшую богадельню. В 1898 г. здесь открыта публичная библиотека. В 1909 г. к причтовому дому была сделана пристройка, в которой был большой зал со сценой (строительством руководил знаменитый екатеринодарский архитектор-католик И.К. Мальгерб). В ограде церкви находился участок для погребения наиболее выдающихся членов римско-католической общины. В 1920-е гг. в здании церковно-приходского училища существовала Краснодарская 1-я польская советская школа I ступени (№ 30). Впоследствии здание церкви было перестроено, разделено на два этажа и отдано под жильё. В постсоветское время римско-католическая община безрезультатно пыталась вернуть здание бывшего костёла.